Εκτελούνται καλλιέργειες για ανεύρεση παθογόνων μικροοργανισμών σε διάφορα δείγματα όπως ούρα, κόπρανα, πτύελα, φαρυγγικό επίχρισμα, ρινικό επίχρισμα, γλωσσικό επίχρισμα, ωτικό επίχρισμα, δέρμα, νύχια, ουρηθρικό έκκριμα, κολπικό έκκριμα, σπέρμα, ενδομήτριο σπιράλ κ.α.
Ακολουθεί ταυτοποίηση των μικροβίων και δοκιμές ευαισθησίας στα διάφορα αντιβιοτικά (αντιβιόγραμμα).